Le siège situé à Dzaoudzi, boulevard des crabes, héberge :

• la direction ;
• un secrétariat ;
• le service navigation : immatriculation des navires ; identification des marins ; délivrance et revalidation des brevets ;
• le service action interministériel mer et littoral : réglementation et coordination des contrôles des polices en mer, manifestations nautiques ;
• le service plaisance : toute démarche liées aux navires et permis plaisance, réglementation des activités de loisirs ;
• le service affaires économiques : demande et suivi des subventions en matière de pêche et d’aquaculture, en collaboration avec les services du SGAR de la préfecture de Mayotte ;
• la permanence pour l’organisation du sauvetage en mer (locaux et veille partagée avec la marine nationale) ;
• l’antenne du centre de sécurité des navires Sud océan Indien.